不動産売却時の税金はいつ払う？確定申告の注意点についても解説

マイホームの売却をご検討中で、「税金は一体いつ、どのタイミングで支払うべきなのだろうか」と複雑な仕組みにお困りではありませんか。
不動産売却に関わる税金は種類が多岐にわたり、あらかじめ納付の時期を正しく把握しておかないと、思いがけない出費で資金計画が狂ってしまう恐れがあります。
本記事では、売買契約時の印紙税、登記手続き時の登録免許税、そして翌年の確定申告における所得税や住民税など、それぞれの段階で支払うべき税金について解説いたします。
税金の支払いに関する不安を解消し、大切なマイホームの売却を失敗なくスムーズに進めたい方は、ぜひご参考になさってくださいね。

売買契約締結時に払う印紙税と節約のコツ

不動産売却における税金には主に、契約締結時に発生する印紙税などがあります。
まずは、売買契約書に貼付する収入印紙と、節約のコツについて解説していきます。

印紙税の課税対象と税額

印紙税は、不動産売買契約書のような課税文書にかかる国税です。
税額は契約書に記載された売買金額で変わり、金額が大きいほど負担も増えます。
なお、2027年3月31日までに作成された10万円超の契約書は、軽減措置の対象です。
たとえば1000万円超から5000万円以下は1万円、5000万円超から1億円以下は3万円となります。
契約前に該当する区分を確認しておくと、当日の支払いも落ち着いて準備できるでしょう。
ただし、契約金額の記載がない契約書は軽減措置の対象外となるため注意が必要です。

売主買主の負担と節約法

印紙税は、契約書を共同で作成した方が連帯して納める税金です。
負担割合に明確な決まりはなく、売主と買主の話し合いで決めるのが基本となります。
一般的には原本を2通作成し、それぞれが保管する契約書の印紙代を負担するケースが多いでしょう。
また、費用を抑えたい場合は、原本を1通だけ作成し、もう一方がコピーを保管する方法もあります。
この場合、印紙が必要なのは原本のみで、コピーには印紙税がかかりません。
ただし、コピーに署名や押印を追加すると課税文書とみなされる可能性があるため、追記せず保管しましょう。

納付のタイミングと罰則

印紙税は、契約締結時に必要額の収入印紙を契約書へ貼り、消印して納付します。
収入印紙は郵便局や法務局などで購入できるため、高額になる場合は事前に用意しておくと安心です。
消印は印鑑だけでなく、消えないボールペンによる署名でもおこなえます。
ただし、印紙と用紙の両方にまたがるように押印または署名することが大切です。
もし貼付漏れや金額不足があると、過怠税という追加負担が発生します。
さらに、消印を忘れた場合も印紙額と同額の過怠税がかかるため、契約時に必ず確認しましょう。

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抵当権抹消登記にかかる税金と司法書士費用

前章では、契約時の税金について述べましたが、ローン残債がある場合は登記に関する税金も気になりますよね。
ここでは、抵当権抹消登記にかかる登録免許税と、司法書士費用について解説します。

抵当権抹消が必要な理由

抵当権とは、住宅ローンの返済を担保するため、金融機関が不動産に設定する権利です。
ローンを完済しても登記簿上の抵当権は自動で消えないため、抹消登記が必要になります。
売却時は、決済日に買主から受け取る代金でローンを完済し、金融機関から必要書類を受け取る流れです。
その後、抵当権抹消登記と所有権移転登記を続けて申請し、買主へ引き渡します。
また、抵当権が残ったままでは買主が安心して取得しにくく、売却手続きにも影響します。
決済当日に慌てないよう、金融機関や司法書士と早めに段取りを確認しておきましょう。

登録免許税の計算と納付

登録免許税は、登記申請時に納める国税で、不動産1件につき1000円です。
一戸建ては土地1筆と建物1棟を別々に数えるため、基本は2000円となります。
土地が2筆に分かれていれば、建物と合わせて3件となり、合計3000円が必要です。
マンションでは専有部分と敷地権の数を合わせて計算するため、登記簿で件数を確認しましょう。
なお、書面申請では申請書に収入印紙を貼り、オンライン申請では電子納付も利用できます。
必要書類には、登記申請書や登記原因証明情報、登記識別情報などがあります。

司法書士報酬と自力手続

抵当権抹消登記は自分でも申請できますが、売却時は司法書士に依頼するのが一般的です。
司法書士は、決済当日の入金確認や書類確認、登記申請までの流れを円滑に進めてくれます。
報酬の目安は地域や事務所で異なりますが、1万5000円から2万円程度を見込むと良いでしょう。
また、登記簿上の住所と現住所が異なる場合は、住所変更登記の費用も必要です。
自力手続きなら報酬は抑えられますが、平日に法務局へ行く手間や不備のリスクがあります。
事前に見積もりを取り、登記費用を資金計画に入れておくと、決済日を落ち着いて迎えられます。

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翌年の確定申告で払う所得税と住民税の注意点

ここまで、売却手続き中の税金を解説しましたが、売却後にかかる税金もしっかりおさえておきましょう。
最後に、翌年の確定申告で支払う、所得税や住民税について解説していきます。

譲渡所得の計算手順と税率

譲渡所得とは、不動産を売却して得た利益のことで、売却代金そのものとは異なります。
計算では、売却価格から取得費や譲渡費用を差し引き、さらに特別控除を反映します。
取得費は購入代金や当時の諸費用から、建物の減価償却費相当額を引いた金額です。
また、税率は売却した年の1月1日時点の所有期間によって大きく変わります。
5年以下の短期譲渡所得は、所得税30.63%と住民税9%を合わせて39.63%です。
5年超の長期譲渡所得は、所得税15.315%と住民税5%を合わせて20.315%となります。

赤字でも確定申告が必要なケース

売却で利益が出た場合は、原則として確定申告をおこない、所得税を納付します。
一方で、税額が0円になる場合でも、特例を使うには申告が必要です。
たとえば3000万円特別控除は、申告書に適用内容を記載して初めて利用できます。
また、売却額が購入額を下回る赤字でも、譲渡損失の繰越控除を確認しておきましょう。
この制度を使えると、損失を給与などの所得と相殺し、翌年以降へ繰り越せる場合があります。
ただし、住宅ローン控除との関係もあるため、必要書類をそろえながら事前に要件を確認することが大切です。

所得税と住民税の納付時期

所得税は、売却した翌年の確定申告期間に申告し、原則として3月15日までに納付します。
納付方法は、金融機関での現金納付やクレジットカード納付などから選べます。
また、指定口座から後日引き落とされる振替納税を使うと、資金管理がしやすいでしょう。
住民税は確定申告の内容をもとに市区町村が計算し、6月以降に通知されます。
会社員の特別徴収では、翌年6月以降の給与から上乗せして差し引かれる仕組みです。
普通徴収を選んだ場合は、納税通知書にしたがって納期ごとに支払うため、売却代金の一部を分けておきましょう。

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まとめ

不動産の売買契約書には記載された金額に応じた印紙税がかかりますが、原本を1通のみ作成し、もう一方はコピーを保管することで費用を節約できます。
ローン残債がある場合は決済当日に抵当権抹消登記と所有権移転登記をおこなう必要があり、1件につき1000円の登録免許税や司法書士への報酬が発生します。
不動産売却によって利益が出た場合は、翌年の期間中に確定申告をおこない、所得税を納付する必要があります。また、各種特例を利用する場合も確定申告が必要です。
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